通販業務の負担を軽減！EC運営代行会社のおすすめ5選と選び方を解説

EC運営代行は、注文処理や決済確認、カスタマーサポートを外部委託し、業務負荷の軽減とコア業務への集中を実現するサービスです。

最適な会社を選ぶ基準は、委託したい業務範囲への対応可否、Shopifyや楽天市場など利用カート・モールとのシステム連携、同商材での実績にあります。

本記事では実績豊富なスクロール360やNE株式会社などおすすめ代行会社5社の特徴や、月額固定・従量課金の料金相場、失敗しない選定基準を解説します。

1. EC運営代行とは？バックオフィス業務の対応範囲

EC運営代行とは、自社のECサイトやECモールで発生した注文の確認から出荷指示、購入者への連絡といったバックオフィス業務を一括または部分的に外部委託するサービスです。

EC運営における一連の業務のうち、商品の企画・仕入れ・マーケティングなどの「フロント業務」に対し、受注管理や顧客対応などの「バックヤード業務」を専門スタッフが代行します。
委託できる業務範囲は企業やプランによって異なりますが、一般的な対応領域は下表のとおりです。

1.1 注文受付と受注処理業務

ECモール（楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングなど）や自社ECカート（Shopify、MakeShop、futureshopなど）に届いた注文データを、ネクストエンジンやクロスモールといった一元管理システムに取り込み、処理を進める業務です。

具体的には、お届け先住所の不備チェック、複数注文の同梱処理、ギフトラッピングの有無確認などを行います。

また、セール時やキャンペーン期間中に急増する注文データもリアルタイムで処理し、ステータスを未処理から出荷待ちへ切り替える作業を正確に遂行します。

1.2 決済確認と請求管理業務

ユーザーが選択した決済手段に応じた代金の回収・照合手続きを担当します。

クレジットカード決済におけるオーソリ（与信枠確保）エラーの確認をはじめ、銀行振込やコンビニ決済の入金消込作業、後払い決済サービスの与信審査状況の確認などが含まれます。

入金確認が取れた注文のみを出荷対象へ振り分け、未入金の注文には入金案内メールを自動または手動で送信するなど、未回収リスクを防ぐ管理を行います。

1.3 顧客対応とカスタマーサポート

購入前・購入後の顧客から寄せられる問い合わせに対し、電話・メール・問い合わせフォーム・チャットツール等を用いて対応します。

対応する主な内容は、配送日時の指定変更、お届け先住所の修正、商品の仕様確認、クーポンの適用漏れに関する相談などです。

あらかじめ作成したFAQや対応マニュアルに沿って一次対応を行い、クレームや判断が分かれる問い合わせのみを自社へエスカレーションする運用設計により、問い合わせ対応にかかる工数を削減できます。

1.4 出荷指示と在庫連携業務

受注処理と決済確認が完了した注文データを、自社倉庫や委託先の物流代行会社（3PL）の倉庫管理システム（WMS）へ送信し、出荷指示を出す業務です。

倉庫側でピッキング・梱包・発送が完了した後は、配送業者から発行された送り状番号（追跡番号）を受注システムに取り込み、購入者へのお問い合わせ番号を記載した発送完了メールの自動配信を行います。

さらに、複数店舗を展開している場合に発生しやすい在庫のズレを防ぐため、実在庫と各モールの販売可能数を連動させる監視作業も行います。

2. EC運営代行でバックオフィス業務を委託するメリット

ECサイトの成長に伴い受注処理や問い合わせ対応の業務量が増加すると、バックオフィス業務に追われて売上拡大に向けた施策が滞りがちになります。
EC運営代行を導入することで、社内リソースの最適化からコスト構造の改善まで、運営効率を大きく高めることが可能です。

2.1 コア業務にリソースを集中できる

EC事業で売上を伸ばすためには、集客施策の立案や新商品の企画、サイトのUI改善といった付加価値の高い「コア業務」に時間を割く必要があります。
しかし、注文件数が増えるにつれて、注文情報の確認や在庫確認、サンクスメールの送信といった定型作業に多くの工数が奪われます。

EC運営代行を活用すれば、日々のルーティンワークを外部へ切り離し、限られた社内人材を売上拡大に直結する戦略的な業務へ再配置できます。

少数精鋭で運営しているEC事業者ほど、専門性の高い領域に人的リソースを集中させる効果を実感しやすくなります。

2.2 繁忙期でも受注処理のミスや遅延を防げる

セールイベント（楽天スーパーSALEやブラックフライデーなど）や季節需要の集中期には、短期間で通常の数倍から数十倍の注文が入るケースがあります。

社内リソースだけで対応しようとすると、残業によるスタッフの疲弊や確認漏れが起き、配送先住所の誤りや出荷遅延といったトラブルにつながります。

受注処理のノウハウを持つ代行会社に委託することで、突発的な注文の急増に対しても安定した処理スピードと品質を維持し、クレームや配送遅延のリスクを最小限に抑制できます。
迅速かつミスのない対応を継続することは、リピート率の向上やモール内での高評価の獲得にも寄与します。

2.3 固定人件費を削減して変動費化できる

自社で受注体制を強化する場合、専任スタッフの採用費や育成コストに加え、毎月の給与、社会保険料、デスクやPCといった設備費などの固定費が継続的に発生します。

繁忙期に合わせて人員を雇用すると、売上が落ち着く閑散期には過剰な人件費が利益を圧迫します。

運営代行を利用すれば、固定費としてかかっていた人件費を、注文件数や稼働量に応じた変動費へと移行できます。

売上の繁閑差が大きい商材であっても無駄な支出を抑えられ、事業規模や市場環境の変化に合わせた柔軟なコスト管理が可能です。

3. EC運営代行を利用するデメリットと注意点

EC運営代行は業務効率化やコスト削減につながる一方で、外部委託ならではの運用リスクも存在します。

導入後に「想定と違った」という事態を防ぐためにも、事前にデメリットと注意点を把握し、対策を講じておく必要があります。

3.1 社内に受注業務のノウハウが蓄積しにくい

受注処理や在庫引き当て、出荷指示などの一連のオペレーションを代行会社へ完全に任せきりにすると、自社スタッフに実務の経験やトラブルシューティングのノウハウが蓄積されにくくなります。

実務がブラックボックス化すると、委託先を変更する場合や将来的に内製化へ戻す判断をした際に、引き継ぎや業務フローの再構築が難しくなるリスクがあります。

この問題を回避するためには、代行会社側に業務マニュアルの作成と定期的な更新を義務づけ、仕様変更の履歴を自社でも管理・共有できる体制を整えておくことが不可欠です。

3.2 顧客の声が直接届きにくくなる

カスタマーサポートや問い合わせ窓口をEC運営代行会社に委託すると、エンドユーザーからの要望やクレームといった「生の声（VOC）」が社内に届くまでにタイムラグが生じる、あるいは情報がフィルタリングされてしまう懸念があります。

商品の不具合や配送遅延に対する不満、サイトの導線に対する要望などは、商品開発や販促施策の改善に欠かせない貴重なデータです。

代行会社を選定する際は、日報や月報による問い合わせ内容の集計レポートの提出を依頼するだけでなく、クレームや重要度の高い意見が発生した際の即時エスカレーションルールを事前に取り決めておく必要があります。

4. EC運営代行おすすめ会社5選

自社の受注業務の課題や取り扱い商材、利用しているECシステムに合わせて最適な会社を選べるよう、実績と専門性に優れたEC代行会社を比較して紹介します。

4.1 マーケティングアソシエーション株式会社

マーケティングアソシエーション株式会社は、EC専門の運用代行サービス「ECサポロジPlus」を展開し、受注処理から電話・メール・チャットのカスタマーサポートまでを網羅する企業です。

最大の特徴は、専任の正社員チームが365日体制で安定した受注処理と顧客対応を担当する点にあります。

土日祝日の注文受付・出荷指示にも対応できるため、休日中の受注処理の滞留を防ぎやすくなります。
定期購入の解約抑止や休眠顧客へのフォローコールなど、売上向上につながる細やかな施策にも対応可能です。

4.2 株式会社アプロ総研

株式会社アプロ総研は、楽天市場やYahoo!ショッピング、Amazon、Shopifyなど主要なECモール・自社カートの受注処理やカスタマーサポートを代行する企業です。

同社では、1日あたり1時間から利用できる時間プランを提供しており、受注処理や問い合わせ対応など、必要な業務を選んで委託できます。

業務の属人化を防ぐため、運用マニュアルの作成・整備も代行し、複数名体制のチームで対応します。

中小EC事業者でも、固定費を抑えながら受注処理や顧客対応を外部委託できます。

4.3 株式会社アモシア

株式会社アモシアは、自社で健康食品や化粧品などのEC事業を運営してきた知見を活かし、EC店舗の運用代行を手がける企業です。

事業者視点での実務サポートを強みとしており、月額5万円から、商品登録や店舗更新など必要な業務を選択して委託できます。

また、受注処理やカスタマーサポートもオプションで依頼でき、発送代行についても商材や出荷量などの条件に応じて相談できます。
そのため、店舗運営に関わる業務を必要に応じて外注したい事業者に適しています。

4.4 株式会社スクロール360

株式会社スクロール360は、大手通信販売スクロールグループの物流・バックオフィスノウハウを結集し、EC・通販事業者を総合的に支援する代行会社です。

受注処理やコンタクトセンター業務にとどまらず、受注代行から高機能な物流センターでの発送代行まで一気通貫で対応できるフルフィルメント体制が最大の強みです。

ギフトラッピングや同梱物の制御など、複雑なバックヤード処理を伴うアパレルやコスメ、食品ECにも対応。
通販事業で培ったノウハウを活かし、物流・梱包面でも顧客体験の向上を支援します。

4.5 NE株式会社

NE株式会社は、EC業界で広く利用されている一元管理システム「ネクストエンジン」の提供元であり、システムに関する知見を活かした受注処理代行や運用支援サービスを展開しています。

複数モールや自社ECの受注処理に対応しており、受注ステータスの変更やメール送信、入金催促、メール・電話での顧客対応、ネクストエンジンの設定調整などを委託できます。

単なる人的作業の代行だけでなく、ネクストエンジンの運営会社としての知見を活かし、既存の運用設定の見直しや業務効率化を支援できる点が特徴です。

5. 失敗しないEC運営代行会社の選び方

EC運営代行会社を選定する際は、単に知名度や委託料金の安さだけで判断すると、運用開始後に業務の滞りや顧客対応トラブルにつながるリスクがあります。

自社のボトルネックを解消し、円滑なショップ運営を継続するために自社の運用体制や扱う商材特性に合致した代行会社を見極める基準を4つの視点から確認しましょう。

5.1 対応可能な業務範囲が自社の課題と合っているか

EC運営代行会社によって、注文データの取り込みや在庫引き当てなどの「データ処理」に特化している会社もあれば、購入者からの問い合わせ対応（電話・メール・チャット窓口）まで一括で引き受ける会社もあります。
自社が抱えるリソース不足の原因がデータ処理業務にあるのか、顧客対応の負荷にあるのかを明確にし、委託したい領域を過不足なくカバーできる会社を選びましょう。

また、セールの開催時期や年末年始などの繁忙期に受注件数の急増に合わせて柔軟に人員を増強できる体制が整っているか、土日祝日の発送指示に対応できるかどうかも重要な判断基準となります。

5.2 利用中のECカートやモールとシステム連携できるか

自社で運用しているECプラットフォームや受注管理システム（OMS）に代行会社が対応できるか確認が必要です。楽天市場やAmazon、Yahoo!ショッピングといった主要モールをはじめ、Shopify、MakeShop、futureshopなどの自社ECカート、ネクストエンジンやCROSS MALLといった一元管理システムへの操作実績がある会社を選びましょう。

API連携やCSVデータのインポート・エクスポートによる自動化されたデータ連携フローが構築できる代行会社を選ぶことで、手作業による転記ミスや処理遅延を防止できます。

5.3 同業界や類似商材での代行実績が豊富か

取り扱う商材によって、受注時に発生する確認事項や顧客対応の難易度は大きく異なります。
例えば、アパレルであればサイズ交換やカラー変更の対応頻度が高く、健康食品や化粧品では定期購入の解約・休止手続き、食品ギフトでは熨斗（のし）や名入れなどの個別指定への配慮が求められます。

自社と同ジャンルの商材を取り扱った実績が豊富な代行会社であれば、業界特有の商習慣やイレギュラー対応に熟知しているため、導入時のマニュアル策定がスムーズに進み、対応品質の安定化が期待できます。

5.4 セキュリティ対策と個人情報管理体制が万全か

EC運営代行を依頼する際は、顧客の氏名、住所、電話番号、購入履歴といった機密性の高い個人情報を外部に共有することになります。万が一の情報漏洩は企業の信用失墜や損害賠償につながるため、事業者の情報管理体制の厳格さを必ず確認してください。

客観的な指標として、一般財団法人日本情報経済社会推進協会（JIPDEC）が認定する「プライバシーマーク（Pマーク）」や、国際規格である「ISMS（ISO/IEC 27001）」の認証を取得しているかは信頼性を測る目安になります。さらに、管理画面へのアクセス制限（IP制限や二段階認証）の実施状況や、オペレーターの端末持ち出し禁止規定など、物理的・技術的な安全管理措置が講じられているかを契約前に確認しましょう。

6. EC運営代行の料金体系と費用相場

EC運営代行サービスの料金体系は、主に「月額固定型」と「従量課金型」、またはこれらを組み合わせた「基本料金＋従量課金型」に分かれます。
コストを最適化するには、自社の月間注文件数や季節による繁閑の差に合わせて最適な料金モデルを選ぶことが不可欠です。

6.1 月額固定型と従量課金型の違い

EC運営代行の料金形態は、毎月の注文件数と売上の変動幅によって適したタイプが異なります。
固定型は予算管理がしやすい反面注文件数が少ない月に割高になり、従量型は無駄なコストを抑えやすい反面繁忙期の請求額が高くなります。

近年は、月額2万〜5万円程度の基本料金に「処理件数×100円〜200円」の従量費用が加算されるハイブリッド型のプランを採用する代行会社が主流です。
また、電話やメールのカスタマーサポートまで委託する場合は対応1件ごとに200〜500円前後の従量料金が加算されるケースが多いため、受注処理単体とサポート込みの費用を分けて見積もりを確認する必要があります。

6.2 導入時に発生する初期費用の目安

導入をスタートする際は、月々のランニングコストとは別に初期費用（セットアップ費用）が発生します。
初期費用の相場は5万円〜20万円程度であり、業務の複雑さや連携するシステムの数によって変動します。

特殊なラッピング対応や定期購入の複雑な解約ルールが存在する場合、マニュアル策定の工数が増えて初期費用が高くなる傾向があります。
初期費用を抑えたい場合は、既存の受注マニュアルをあらかじめ自社で整理した上で代行会社に提供するとスムーズです。

7. EC運営代行を導入する際の流れ

EC運営代行の導入は、問い合わせから本稼働までにおよそ1〜2か月程度の期間を要します。事前に業務の可視化やシステム連携の確認を行わずに進めると、運用開始後に処理の遅延や出荷ミスが発生する原因になります。円滑な移行を実現するための具体的な導入ステップは以下のとおりです。

7.1 現状の業務フローの整理と委託範囲の決定

EC運営代行会社へ問い合わせる前に、自社で行っている日々の受注処理手順とイレギュラー対応をすべて可視化することが最初のステップです。
注文確認から決済照合、在庫引き当て、出荷指示データ作成までの通常ルートに加え、以下の例外パターンを洗い出します。

• 注文内容の変更やキャンセル依頼への対応手順
• お届け先住所の不備や決済エラー（クレジットカードのオーソリエラー・後払い審査落ち）時の連絡フロー
• ギフトラッピングやのし対応、日時指定などの個別要望の処理方法

業務フローを整理した上で、「注文処理と在庫連携のみを委託し、顧客からの問い合わせ対応は自社で行う」のか、「電話・メール対応を含むカスタマーサポートまで一括委託する」のかといった切り分けを明確にします。

7.2 複数社への見積もり依頼と比較検討

委託したい業務範囲が定まったら、2〜3社程度の代行会社へ見積もりを依頼します。正確な見積もり金額を算出してもらうために、月間の注文件数、取り扱いSKU数、利用中のECカートシステム（Shopify、MakeShop、futureshopなど）やモール（楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングなど）、受注管理システム（ネクストエンジン、CROSS MALLなど）の情報を提示します。

提示された提案内容をもとに、基本料金に含まれる作業範囲と追加オプションの境界線を確認することが重要です。土日祝日の対応可否や営業時間外の緊急連絡体制、個人情報を取り扱うセキュリティ基準（PマークやISMSの取得状況）を比較し、自社の要件に最も合致する1社を選定して契約（基本契約および秘密保持契約）を締結します。

7.3 マニュアルの共有とテスト運用

契約締結後は、実業務を代行会社へ引き継ぐための準備を進めます。自社で作成した業務手順書をもとに代行会社側の担当者と打ち合わせを行い、判断に迷う場合の確認ルール（エスカレーションフロー）を定めた詳細マニュアルを策定します。併せて、代行会社のオペレーター専用の受注管理システムのアカウントを発行し、不要な閲覧権限を制限した上でアクセス環境を整えます。

実運用へ移行する直前には、テスト注文データを用いた模擬処理を実施し、出荷指示データや顧客通知メールが正常に出力されるかを検証することが不可欠です。本稼働の初日は一部の注文のみを代行会社で処理する並行運用期間を設けることで、業務の滞留を防ぎ、安定した本番運用へと移行できます。

EC運営・カスタマーサポートの外注ならマーケティングアソシエーションがおすすめ

ECサイトの運営や顧客対応では、受注処理や問い合わせ対応、返品・交換対応など、さまざまな業務が発生します。こうした業務に多くの時間を取られ、社内の業務負担が大きくなっている企業も少なくありません。

このような課題を抱える企業には、EC運営支援やカスタマーサポート、BPO業務を提供するマーケティングアソシエーションがおすすめです。ECサイトの受注処理から電話・メールなどの顧客対応まで、幅広い業務を委託できるため、企業の課題に合わせた業務の外注を検討できます。

マーケティングアソシエーションの特徴と強み

マーケティングアソシエーションは、EC運営支援やカスタマーサポートを中心に、企業の業務を支援するサービスを提供しています。

ECサイトの注文・決済確認や受注処理、顧客からの問い合わせ対応に加え、コールセンター業務や各種BPO業務にも対応しています。EC運営と顧客対応の両面から業務を委託できる点が特徴です。

マーケティングアソシエーションが対応できる業務

マーケティングアソシエーションでは、ECサイトの受注処理や入金確認、返品・交換受付などのEC運営業務に加え、電話・メール・チャット・SNSなどを通じた顧客対応にも対応しています。

また、クレーム対応やテクニカルサポート、ヘルプデスク、予約受付、データ入力などの業務も委託できます。EC運営に関する業務から顧客対応、事務作業まで幅広く外注できるため、社内の業務負担を軽減したい企業に適しています。

マーケティングアソシエーションの導入事例

導入事例：電話注文の受付を外部委託し、社内スタッフの業務負担を軽減

ECサイトからの注文に加えて電話注文にも対応しており、受電のたびに社内スタッフが作業を中断して対応していました。
そこで、商品情報や注文受付ルールを整理し、電話注文の受付から受注処理までをマーケティングアソシエーション株式会社に外部委託しました。
結果電話注文という販売経路を維持しながら、社内スタッフが受電対応に常時備える必要を減らすことができました。

導入事例：ECモールの日常業務を外部委託し、社内の販促・商品戦略に注力

ECモールの管理画面操作や受注確認などの日常業務に時間がかかり、社内担当者の負担になっていました。
負担を軽減するため、利用中のモール管理システムに合わせ、受注確認や各種定型操作をマーケティングアソシエーション株式会社にお願いしました。
結果日常的なモール運営を安定して進めやすくなり、社内では販促や商品戦略などに注力できるようになりました。

マーケティングアソシエーションの料金と運用体制

マーケティングアソシエーションでは、委託する業務内容や対応件数に応じた料金プランを用意しています。件数契約・席数契約・従量課金などの料金体系があり、業務の規模や必要な対応体制に合わせてプランを検討できます。
また、カスタマーサポート領域では、正社員100％の運用体制や365日対応可能な体制を整えています。最短10日で利用を開始できるため、早期に業務の外注を進めたい企業にも対応しています。

マーケティングアソシエーションがおすすめの企業

マーケティングアソシエーションは、ECサイトの受注処理や問い合わせ対応にかかる業務負担を軽減したい企業や、電話・メールなど複数のチャネルを通じた顧客対応を外注したい企業におすすめです。

また、EC運営とカスタマーサポートをまとめて委託したい企業や、人手不足を解消し、商品企画や販促活動などのコア業務に注力したい企業にも適しています。

8. まとめ

EC運営代行を活用すると、注文処理や顧客対応などの作業を外部委託でき、商品開発や販促活動といったコア業務へ社内リソースを集中できます。
代行会社を選定する際は、委託したい業務範囲への対応可否、利用中のECカートやモールとのシステム連携、類似商材の実績、セキュリティ体制の確認が必要です。
料金体系や費用相場を踏まえて複数社から見積もりを取り、自社の業務課題と予算に合致する会社を選びましょう。